Zamość noclegi uważany był za najlepiej zorganizowane miasto w nowożytnej Polsce. Podzielony na część mieszczańską i rezydencję właściciela stanowił przemyślaną i jednolitą całość, z precyzyjnie wytyczonym, szachownicowym układem ulic i placów, współtworzących funkcjonalny system komunikacji. Ośrodkiem intelektualno-kulturalnym i artystycznym był dwór Zamoyskiego, gromadzący poetów, pisarzy i artystów[1.3]]. Do dziś dnia, pomimo zniszczenia znacznej części dawnych murów obronnych, miasto uznawane jest za jeden z najlepszych przykładów europejskiej urbanistyki z okresu późnego renesansu.

Początek XVIII w. zapoczątkował stopniowy upadek miasta. Choć Zamość przetrwał zarówno oblężenie Kozaków Chmielnickiego w 1648 r. jak też oblężenie wojsk szwedzkich w 1656 r., w czasie wojny północnej miasto zostało zajęte przez wojska szwedzkie (1704 r.) i saskie (1715 – 1716).

W 1772 r. Zamość znalazł się w zaborze austriackim i już w 1784 r. Austriacy zamknęli słynną Akademię. Zamość ostatecznie utracił swe dawne znaczenie gospodarcze i kulturalne na przełomie XVIII i XIX w. W 1809 r. Zamość został włączony do Księstwa Warszawskiego, zaś w 1815 r. stał się częścią Królestwa Polskiego. W 1866 r. władze carskie dokonały likwidacji twierdzy zamojskiej, burząc znaczną część fortyfikacji.