Powstanie i intensywny rozwój miasta Muszyna związane jest z bliskością granicy państwowej oraz z biegnącym wzdłuż rzeki Poprad węgierskim szlakiem handlowym. Pierwszą notatkę o tej miejscowości napotykamy w akcie z 1209 roku, w którym król Węgier zezwala na pobieranie opłat celnych Proboszczowi Adolfowi ze spiskiej kapituły św. Marcina. W tym czasie osada należała do rodu Niegowickich z herbu Półkozic.

W 1288 roku miejscowość Muszyna została przekazana biskupom krakowskim. Muszyna prawa miasta otrzymała w 1356 roku dzięki królowi Kazimierzowi Wielkiemu. Z tego właśnie okresu pochodzi obecny układ starego rynku i głównych ulic miasta. 30 lipca 1391 roku król Władysław Jagiełło, chcąc się przypodobać duchowieństwu podarował powtórnie dwa miasta i 35 wsi biskupstwu krakowskiemu. Od tego momentu ziemie te były traktowane jako samodzielny i niezależny kraj z własną administracją państwową , wojskiem (piechotą zwaną harnikami) i sądownictwem, przez co nazywane był „Państwem Muszyńskim”. W imieniu biskupów krakowskich w Muszynie rządy sprawowali starostowie, z których najbardziej znany i zasłużony był Stanisław Kępiński (serdeczny przyjaciel pisarza Jana Kochanowskiego, który imię jego utrwalił we fraszce „Do starosty muszyńskiego”). Kupcy przemierzający szlakiem popradzkim mieli obowiązek wystawiania w tym mieście swoich towarów na sprzedaż. Starosta który posiadał władzę sądowniczą bez sentymentów rozprawiał się z licznymi zbójnikami i czarownicami. Siły zbrojne Muszyny liczyły w okresie świetności do 5000 żołnierzy, którzy wykazali się dwukrotnie odwagą w czasie potopu szwedzkiego (pod Krakowem i pod Sączem).

Nad miastem wznosił się piękny zamek, stanowiąc strażnicę granicy polsko-węgierskiej, ulokowany na stromym urwisku górskiego grzbietu (między dolinami Muszynki i Szczawicznego Potoku) Zamek początkowo drewniano-ziemny, z czasem został wymurowany z kamienia i cegły. W swej historii zamek w Muszynie wiele razy był napadany i plądrowany, niszczony i palony, do dziś zachowały się południowe fragmenty muru i wieży.